困難なこともあったけど、仲間達と一緒に出来て楽しい時間を過ごせたから。を英語にしたらこれであってます

ご質問の文章でも悪くないと思いますが、少し手直しすると

There were some difficult things, but I had a good time working with my friend.

also は無い方が普通に聞こえると思います。
「困難なこともあったけど、楽しい時間を過ごせた」の意味は butだけで十分出るので、also は余分な感じです。

difficult things はもっと良い言葉がありそうな気がしますが、具体的にどんなことを言っているのかわからないので、取り敢えず、そのままで。
some をつけると、「〜もいくらかあったが」のような含みで、いい感じになります。

「出来て」のニュアンスが出ていない感じなので、 a good timeの後に、何が「出来て」なのかを working （働いて、勉強して、努力して）とかplaying（遊んで）のように言ってあげると良いと思います。

＃２さんが、「difficult things はもっと良い言葉がありそうな気がしますが」と仰っておりましたが、

それなら、「具体的にどんなことを言っているのかわからない」ということも考慮すると difficultiesが無難かと思います。そして、思いっきり、In spite of difficulties～ とすると簡潔でスッキリした文になります。

あっていると思います。