先日、整備工場でクスコの強化デフマウントを取り付けてもらいました。 その直後から速度が40～50㎞の

古いブッシュを付け替えたのなら　ブッシュのヘタリ

ブッシュも新品い変えたのなら　ミッションマウントの劣化でしょうね。
デフがしっかり強化マウントで固定された分　ミッション側マウントに負担が多くなって振動になってる

そのまま速度が上がると落ち着くなら、共振がブッシュで消せない状態で出てるってことですね。

ペラがダメージあったりでバランスが狂ってる場合は、速度が増したら落ち着くケースはなく、どんどん揺れが大きくなります。

なので、共振がおさまるかは別として、ミッションマウントブッシュも替えてみたらどうかと。

お乗りの個体のシャーシの変形がひどくて、強化マウントの許容値を越えている可能性も。

うちは過去に2ピースペラを1ピースにしてみたら、振動がひどくて終いにはマウントステーが溶接部で千切れました。
ミッションとデフのマウント分はそのくらい大きい力を受け止めてるので、慎重にダメージチェックも。

取り付け位置が精密ではないのでは？

経年劣化や組立誤差によって、ドライブシャフトやデフの位置が微妙にずれます。そういった補正無しに単純にマウントを取り付けただけだと歪みが発生するでしょう。

車体は大なり小なり、必ずたわみが発生しています。

　一部を補強したら他の部分にシワ寄せが来るのは当然で、概念的に言うと・・・それまで全体的に少しづつたわんでいたのが、一部を補強した為に新たに応力集中部が誕生し、そこが特定の振動（ご質問のクルマの場合は、特定の速度での路面入力ということになります）で共振点に入って何倍もたわむ様になるということです。これは特にモノコック構造の車体だと顕著に現れます。今回の場合は、たまたまドライバーが感じやすい部位の変形が増えてしまっているということなんでしょう。

　当然ですが、仮にその補強がよく効いて、車体全体では剛性がアップしているとしても、特定部位では応力集中が発生していることになり、車体の耐久性は低下します。（車体の剛性アップと耐久性アップは、別の話です。）
　具体的に言うと・・・応力集中部のシワ、スポット溶接の剥がれ、鋼板のヒビなどです。自動車メーカーが新型車の開発過程で施す車体補強は、必ず強度・耐久試験とペアで進めるのですが、社外品の補強パーツのほとんどは耐久試験は行っていないので、こういう事態はよく発生します。

　一部だけ車体補強を施すのは、車体の一部の変形量が増え、結果的に耐久性が低下するということを納得しておく必要があります。

特定速度で揺れるって事は

その速度域でなんらかの共振が発生しているって事で
取り付け後から発生しているって事なら
一旦取り外してどうなるかを確かめるのが
一番手っ取り早いと思います。

アライメントなどが狂ってしまった場合には
外しても元に戻らないですけど、
原因追及の段取りとしては「戻す」のが正論かと。