d払いについてなのですが、アマプラの会費をd払いで払っているのですが、dポイントからもひかれていまし

dポイントを使うという設定がされているからです
https://nttdocomo-ssw.com/keitai_payment/shop/shop_amazon_app.html

d払いがdポイントを使う設定になっていてdポイントの残高があったので、dポイントが消費されました。

600円をd払いで決済して、その内250円分はポイントが使われたので、残り350円分がd払いで設定している方法での支払いになります。

d払いのアプリを開いた画面でバーコード右下にポイントを利用する、利用しないを切り替えるボタンがあります。ポイントから引かれた場合は（利用する（棒の部分が赤色)になっていると思いますので、その棒の左側をタップして利用しない(棒の部分がグレイ)になります。利用しないに設定すればポイントから引かれないようになります。

あなたが、dポイントを利用するように設定をしているからです。

設定の問題では？