ポイント‥

分かります。
本当にその通りだと思います。
色々と種類が増えすぎですよね。

なので、おっしゃられる通り、色んなお店で使うことができる汎用性の高いポイントを優先的に貯めた方がいいですね。
そういう意味ではdポイントはおすすめです。
利用価値あると思いますよ！

また楽天ポイントも楽天市場での買い物はもちろん、楽天Pay支払いによるポイント付与もあるので、結構ポイント貯まり易くておすすめです。

自分は、基本的にdポイントと楽天ポイントに絞っていますね。

楽天ペイ、d払いが、対象店が多いです。多くの大手チェーンは対応しているでしょう。
楽天ペイ払いの時に「ポイントで払う」にチェック入れた状態でQRコードを読んで貰うと、楽天ペイとして楽天ポイントが支払われます。客が店のQRを読む場合はポイント払いにするかをその時に選べないので、事前に設定でポイント払い優先にしておくといいです。
d払いも同様の仕組みがあります。

ポイントアプリやカード等でポイントとして別に支払うよりも、楽天ペイとして支払う方がおそらく還元がいいと思います。
ただ、ポイントアプリ/カードはそれは別として「貯めます」で提示しないと、還元がありません。

ややこしいですが、頑張って使ってください。