サイズの大きいロード。

まず結論から言えば、、、

問題なく乗れます。

問題があるとすればスタンドオーバーハイトですね。
これは、オフロードを走るMTBの場合は余裕が必要ですが、ロードの場合はトップチューブにまたがってみて、カカトがべったり地面につけば問題ないです。
(サドルじゃなくてトップチューブですよ)

で、具体的なサイズの大きさに関しては、身長だけでは決まりませんですよ。
手足の長さや、身体の柔軟性によっても変わります。
当然、手が長くて身体が柔らかい人は大きいサイズのもののほうが楽だったりしますね。

で、一番重要なのはトップチューブの長さですね。
これはコンフォートタイプのDEFYなどの場合は、短く設計してあります。
たとえば、2013モデルのDEFYとTCRを比較してみると
http://www.giant.co.jp/giant13/bike_datail.php?p …
http://www.giant.co.jp/giant13/bike_datail.php?p …
DEFYのほうが5ミリ短くなっています。
さらにDEFY2のSとSXではシートチューブ角が違います。

後の違いはステムの長さですね。
http://www.giant.co.jp/giant13/bike_datail.php?p …
XSは80mm、Sは90mmになってますから、多分60mm程度のステムを使用すれば違和感なく乗れちゃうのではないかと、、、、
ぼくなら購入する場合は、ステム交換無料でしてもらえるか確認してみますね。
ポイントは笑顔です。
ぼくの知る限りではそーゆーパターンだと無料でやってくれるケースも多々ありますが、有料の場合は、
まずは「言いだしっぺはニーちゃんやーん負けといてやー」とか言ってダメな場合は、「スピードメーターかなんかおまけつけてくれへん?」とか聞いてみますですよ。
ダメでもともと。笑顔を絶やさないのがポイントです。

ただし、シートポストはなるべく切らないほうがいいです。
シートポストは切らなくても、下に押し込めば用は足りるはずですよ。
切った方が軽くなりますが、大した違いはないし、あとで本当に身長が伸びた時のこと考えると、今切るのはリスクが高くなるだけですね。

スペック的には必要十分なティアグラがついてるし、シマノなら性能的にもかなり高いしデュラエースに引けを取りませんです。

デュラなどのハイグレードコンポとの違いは性能面じゃなくて、操作感と重量だけですねー。
といっても操作感が悪くなるわけじゃないですよ?
一寸タッチが違うというだけの話です。

後々、アップグレードするにしても、ブレーキキャリパーぐらいかなー。。。
あとは好みでタイヤとホイールですね。
GIANTは世界的に見て自転車界のトップクラスのでかい企業で、トレックとかの下請けもやってたはずだし、、、
(つまり、カラーやロゴがスペシャライズド、トレック、コルナゴとかでGIANT製ってバイクが、、、それ以外にもヨーロッパの名門のあそことかまでジャイやメリダが、、、元々GIANTはＯＥＭ専門から旗揚げしたメーカーですからね)

ですから、バイク自体は品質のいい、長く乗れる良いバイクだと思いますよ♪
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n68746

全然、問題ないです。

サイズは目安ですから、レースにでも出ない限り、気にしなくてもいいですよ。

自転車の種類は？

ロードの場合　シートピラーを下げ　ステムを短いものに交換すれば　とりあえず乗れますが
カッコ悪いです。
ロードは、ステムをそれなりの長さにし　シートピラーは長く設定するとカッコ良いです。

中２なら　まだまだ成長しますので　今　ジャストフィトサイズでは、すぐに小さくなります。
わざわざステムを短いものに交換も　ステム代金＋α　になるだけ
現状で我慢して　1年程度乗れば　丁度良くなると思います。

お店も　店頭在庫は、早く売りたいので　安く売る　
また在庫を売り　新しいモデルを展示したいので
在庫品は、早く売りたいので　サイズが客に合わなくてっも　売りつける店もあります。
店頭在庫なしサイズ取り寄せは、新規仕入なので　割引が少なくなるものです。
今回のケースでは、静養を加味して　お店は、現状サイズをお薦めしていますねー　悪意はなさそう。


ステムを短い物に交換は、ブレーキ・シフトワイヤーのアウターの長さを短くする必要が有ります。
（元に戻す際は、長くします）
見た目の綺麗さと　無理なくハンドルを切っても突っ張らない適切ながさが　一番抵抗が少なく
軽くワイヤーを引けるようになります。
なので　交換する際は、短くする場合は、そのままでも使えますが　抵抗が増え重くなります。
長く使うと　擦れがきついからワイヤーが痛みます。　見た目もカッコ悪いでしょう。
以上のことから　現状で　強く無理せず乗れるなら　そのまま乗る
ステムをみじかくするなら　アウターの長さ調整をしてもらってください。

あ、すみません。

サイズの変化による乗り味の違い書くの忘れてました。

ジオメトリ読むと、ヘッドチューブ長が違いますよね。
sとxsだと20mmも違います。
これによってハンドルを低くできなくなります。対策はありません。

強いて言うなら、ステムの角度変えてハンドルを遠くする程度ですねー。
でも、ハンドルの高さは乗ってて意外と気にならなかったりしますよ。
レースを本格的にやりたいなら、ハンドルが低いほうが空力的に有利ですが、ロングライドや街乗りだとわざと高くする人もいてますからね。
でも、場合によっては一番の問題点がここかもです。

サイズの違いによる乗り味の変化は、、、

サイズが大きめのものに乗ると安定感が出ますですよ。
ブレーキング時の挙動も安定感が出ていい感じになります。
ですから街乗りやロングライドなんかには大き目の方がおすすめですね。
これは逆に言えば、乗り味がまったりしている、小回りの利かないバイクってことになります。

サイズが小さめだとフレームが硬めになって、挙動がクイックでコーナーでの切込みがスパッと決まったリします。
まぁ、フォークの性質にもよりますけどね。
ですから。レースやる人だとやや小さめのフレーム選ぶ人が多いですねー。
これは逆に言えば、挙動が安定しにくくて、神経質なバイクってことになっちゃいますけどね。

まぁどちらにしろ、気にするほどでもないかもですが、、、、

貴方が男性ならまだ身長が伸びる可能性が大きいです。

個人差はあります。
私は中２の時１５６ｃｍでしたが高３の時には１７０ｃｍを超えました。
さらに大学に入学した後も身長は伸び最終的に１７３ｃｍになりました。
貴方も３年くらいたつとSがちょうど良いサイズになるかもしれません。
defy2はenduranceタイプの自転車です。
直進安定性を重視してます。
ステムを短くするとハンドルがクイックになり特性が失われます。
でも１０万円以上する自転車でしょう。
中学生には少し贅沢な自転車と思いますが・・・。
成長に合わせて乗り換えると言うのも金銭面で大変ですね。
私が親ならそんな高い自転車次ぐ次、買い換えるお金出せないので
自転車に体が合うように成長しなさいって言いますけどね。

サイズの合わない自転車に乗るのは辞めておいた方が吉ですが、

中学2年ということならば、これからまだまだ背も伸びることでしょうし、
自転車屋さんの言うとおりで問題ないと思われます。